Il y a peu de jardins publiques dans Bucarest intra-muros. Le plus connu, le jardin de Cismigiu, se trouve en centre-ville mais il est assez loin du Musée.
Sa restructuration ouvre la possibilité d'ouvrir au public la cour intérieure du bâtiment en la transformant dans un nouveau jardin public en plein milieu de cette zone piétonne la plus agglomérée du centre ville.
Pour cela, nous allons ouvrir plusieurs passages piétonnes vers le jardin.
De ce passages, on descendra par des escaliers et des escalateurs vers le hall du Musée, situé sous le jardin, et éclairé par des verrières situées au niveau du sol. Ces verrières forment des carrés de 3,52x3,52 m séparés par des allées piétonnes bordées de haies vives. Ce toit vitré de 25,60x25,60 m, supportée par des poutres métalliques, forme un jardin de cristal. Celui-ci est entouré de pelouses et sur les deux côtés du jardin deux rangées d'arbres bordent des allées ombragées.
Le jardin deviendra ainsi un vrai atrium en air libre et constituera un point d'attraction important dans ce secteur central de la ville. Il mettra aussi en valeur l'architecture de toutes les façades du bâtiment.
L'atrium couvert, au lieu d' être au milieu de la cour intérieure, obturant les façades, et dont le raccord avec les volumes construits pose problème, sera situé dans le corps central, débarrassé des pilastres construits ultérieurement, qui défigurent et morcèlent ce généreux espace. En démolissant le volume situé au 1er étage du corps central, on pourra refaire les verrières originales côté jardin, qui seront agrandies pour former une seule grande verrière au-dessus de l'atrium.
L'accès principal du Musée se trouve dans l'atrium. A part le grand espace de réception, l'atrium contient des boutiques, un café, un restaurant, une librairie, la bibliothèque et la salle multimédia, espaces ouverts au public en permanence. Le restaurant bénéficie aussi d'une terrasse dans le jardin.
Le hall d'entrée occupe tout le sous-sol du jardin. On pourra y accéder soit de l'atrium, soit des deux passages latéraux ouverts. Dans son milieu, un volume tronconique inversé descendant sur deux niveaux abrite une rampe circulaire autour de laquelle se développe la frise de la colonne de Trajan. La rampe, dont la longueur a été calculée pour correspondre à la longueur développée de la frise, descend en pente douce vers la base de la colonne située en contrebas. Au-dessous se trouve le grand auditorium pour 500 personnes et les espaces dédiés: le hall, le bar et la garde-robe. Autour de ce volume habillé de bois de merisier, un espace vide circulaire abrite les escaliers et les ascenseurs vitrées qui descendent vers l'auditorium et permet à la lumière du jour de descendre et d'éclairer les espaces communs de l'auditorium. Les parois latéraux de ce volume circulaire, en verre type profilite, permettent aussi d'éclairer les dépôts généraux et les espaces d'étude de celui-ci situés en son périmétre.
Dans le hall se trouvent les accès à toutes les sections du Musée.
Pour accéder aux expositions permanentes situées dans les deux ailes latérales, le public utilisera les circulations verticales situées dans les volumes centraux de ces ailes. Pour optimiser leur utilisation, les 4 grands ascenseurs serviront aussi au transport des objets du musée et descendront jusqu'aux niveaux souterrains du parking et des entrepôts généraux.
L'architecture originale du bâtiment sera reconstituée. L'aménagement sera minimaliste, en privilégiant les couleurs neutres (blanc et gris clair) sauf le sous-sol (Préhistoire et Antiquité) ou les murs seront peints en noir et le sol en rouge-brun. La seule intervention sur les façades concerne la création de la cafétéria au 1er étage du corps central, les verrières de toit pour l'éclairage des bureaux du Patrimoine situés dans les combles et la création des passages piéton.